一生物种系发生学软件获提速40倍

黑暗枪骑兵

来自南开大学生命科学学院，信息技术学院，澳大利亚莫纳什大学的研究人员采用最新的GPU加速技术，优化了生物种系发生学领域最流行的软件工具MrBayes，得到了最高40多倍的加速效果。 这一研究成果公布在《生物信息学》杂志上。
  
文章的通讯作者是南开大学信息技术科学学院副教授刘晓光，第一作者是2009级硕士研究生周剑夫，这一论文选题来自南开大学信息技术科学学院刘晓光、王刚课题组和该校生命科学学院卜文俊、谢强课题组的合作项目。

近年来，随着生命科学的不断发展，人类可获得的基因数据已呈爆炸性增长，与此同时，如何分析和处理基因数据成为一项新的挑战。这篇题为“MrBayes on a Graphics Processing Unit”（基于图形处理器的MrBayes软件实现）的研究成果，历经了3年的研究，为种系发生学领域更大规模的数据处理提供了一种新的方法，取得了理想的效果。

《生物信息学》杂志是生物信息学领域的顶级学术期刊，2008年影响因子为4.328的SCI一区刊物，这项研究采用最新的GPU加速技术，优化了生物种系发生学领域最流行的软件工具MrBayes，得到了最高40多倍的加速效果，为生物学研究数据处理提供了重要资料。

另外来自中科院的研究小组也解析了如何分析和挖掘Genbank中的mtDNA数据，他们分析了GenBank数据库中一些问题较多的数据集，指出Pereira等人不加选择地利用数据库中的数据进行分析存在的多种问题。研究人员就GenBank数据库中问题较多的mtDNA全基因组数据开出了一个长长的名录，便于后续研究者在分析时剔除这些序列。同时，他们对研究者如何提高数据质量提出了若干建议，如向数据库提交序列之前，研究者应该对数据进行仔细的检查和精确的核对，避免错误出现。对存入数据库中的序列，如果发现错误，应该及时更正并更新。（来源：生物通）

0809000

囧了~~怎么是这么旧的消息~~
对于医学~GPU加速还是很给力的~~原本想要学这个的~~不过太懒了~~
力挺N卡的路过~~特别是支持C编程~~

2qwer

0809000 发表于 2011-4-24 06:36
囧了~~怎么是这么旧的消息~~
对于医学~GPU加速还是很给力的~~原本想要学这个的~~不过太懒了~~
力挺N卡的路 ...

丫~ ~ 原來二小姐曾經想學高深偉大的醫學呢，
未能在這方面發展真的是國家莫大的損失的說 ~ ~ ~


另，大小姐轉貼也太懶了，最少也說說感想嘛~~~















以上純粹吐糟的說~~~

喵 ~

0809000

2qwer 发表于 2011-4-24 12:16
丫~ ~ 原來二小姐曾經想學高深偉大的醫學呢，
未能在這方面發展真的是國家莫大的損失的說 ~ ~ ~

一见血就恶心~~~
GPU加速代表的是计算能力的进化~~~
我对高效率的东西感兴趣~~~不是医学~~

2qwer

0809000 发表于 2011-4-24 12:41
一见血就恶心~~~
GPU加速代表的是计算能力的进化~~~
我对高效率的东西感兴趣~~~不是医学~~ ...

怕血的人，都是善良的人，哈哈~~~

喵 ~

2qwer

0809000  善良啥~~我喜欢初血~~这个倒不怕~~  发表于 13 分钟前

二小姐太給力了的說~~~

喵 ~

0809000

2qwer 发表于 2011-4-24 20:19
二小姐太給力了的說~~~

喵 ~

灭了你~

没听过好奇心害死猫的吗~~~把你按铁轨上~~压死你~~